Joutsenten reitti ry:n hallitusta muodostettaessa valittiin jokaisesta kunnasta toimitsijoiden valitsema henkilö hallitukseen ja jokaisesta seutukunnasta valittiin kuntien nimeämät yhteiset edustajat hallitukseen. Hallituksen jäsenmäärä on puheenjohtaja + 12 jäsentä, joiden lisäksi on 12 varajäsentä. Hallituksen jäsenet valitaan vuodeksi ja he edustavat toiminta-alueen maaseudun kehittämisestä kiinnostuneita eri tahoja.
Hallituksen valinnassa tavoitteena oli sitouttaa kaikkien kuntien toimijat mukaan toimintaan ja samalla varmistaa tiedonkulku hallituksen ja kentän välillä. Hallituksen jäsenet edustavat toiminta-alueen maaseudun kehittämisestä kiinnostuneita eri tahoja kattavasti, koska mukana on miehiä ja naisia, kyläaktiiveja, maatalouden ja maaseudun järjestöjen edustajia, maataloustuottajia, eri alojen yrittäjiä, projektityöntekijöitä sekä kuntien edustajia oppilaitoksista ja elinkeino- ja maataloushallinnosta.

Hallituksen kokoonpano noudattaa maa- ja metsätalousministeriön edellyttämää kolmikantaperiaatetta, jossa mukana on 1/3 julkisen tahon edustajia, 1/3 yritysten ja yhdistysten edustajia ja 1/3 maaseudun yksittäisiä asukkaita.